兽用抗菌药的合理使用，要掌握以下几个原则：
（1）严格掌握适应症，因为每种感染性疾病都有其病因，每种抗菌药又都有其适用范围，在不确定的情况下要对病原菌进行敏感性试验来选择合适的药物。
（2）制定合理的给药方案，在制定给药方案时，要考虑到药物剂型、给药途径、剂量、给药间隔、疗程等因素，以及动物的品种、年龄、性别、生理、病理状态对给药的影响。
（3）科学的联合用药，避免配伍禁忌，当一些混合感染或者病因不明的严重感染出现时，或者是当一种药物长期使用产生耐药性时，要适当的减少用量来降低毒副作用。
（4）严格遵守休药期，可以有效避免药物残留的发生。
（5）避免不良反应的发生，在满足疗效的同时，尽量选择无毒或毒性小的抗菌药进行治疗，避免大剂量或长时间使用。
通过以上四个方面的阐述，可以看出兽用抗菌药在养殖业中发挥了巨大的作用，只要制定科学的给药方案，并且合理的使用抗菌药，不仅可以有效的防止耐药性的发生，而且会促进养殖业的健康发展。所以兽用抗菌药在养殖业中有着重要的地位，是养殖业最重要的基础物质之一，是高效、优质、高产养殖业的核心，没有兽用抗菌药就不可能有现代化的养殖业，养殖业离不开兽用抗菌药。